В глубинах озера обитает арктический голец (даватчан), занесенный в Красную книгу России.
Государственный природный заказник федерального значения «Фролихинский» расположен в Северо-Байкальском районе Республики Бурятия на северо-восточном побережье оз. Байкал в 40 км от районного центра пос. Нижнеангарск и в 45 км от г. Северобайкальск. Заказник имеет биологический профиль и предназначен для сохранения и восстановления ценных, редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира, а также среды их обитания. Территория заказника включена в состав территории Центральной экологической зоны озера Байкал и является частью Объекта Всемирного природного наследия Озеро Байкал.
Фролихинский заказник был организован в 1976 г., в настоящее время находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Общая площадь заказника составляет 109200 га.
Границы заказника:
Северная - от мыса Немнянка по водоразделу рек Правая Фролиха и Окуликан до их истоков;
Восточная - от истоков рек Правая Фролиха и Окуликан по водоразделу между верховьями ключей и рек, впадающих в реки Правая и Левая Фролиха, и рекой Томпуда до истока реки Ширильды;
Южная - от истока реки Ширильды вниз по ее левому берегу до впадения реки Ширильды в озеро Байкал;
Западная - от устья реки Ширильды в пределах береговой линии заказника до мыса Немнянка, за исключением территории, отведенной под водолечебницу "Хакусы", в границах береговой линии губы Хакусы. Рельеф заказника типично горный, включает северную оконечность Баргузинского хребта. Характерно значительное колебание высот (от 455 до 2840 м н.у.м.).
Территория заказника «Фролихинский» относится к зоне хвойной тайги, образованной сплошными массивами, за исключением гольцового пояса.
Леса занимают 91,9 тыс. га, состоят в основном из лиственницы даурской, сосны и пихты. Встречается кедр, ель, осина, береза. Кедровый стланик произрастает как в подлеске, так и сплошными массивами. На высотах от 1600 м н. у. м. распространены лишайниковые пустоши и заросли кедрового стланика.
В вековой тайге заказника обитают лось, изюбрь, кабарга, дикий северный олень, соболь, горностай, белка, лисица, росомаха, волк, заяц, медведь. Здесь встречаются на пролете и гнездятся орлан-белохвост, скопа, кряква, чирок, серая утка, свиязь, шилохвость, гоголь, луток, крохаль, лебедь-кликун, обитают глухарь, рябчик, кедровка, ворон и другие виды птиц. В озёрах и реках заказника водятся голец, таймень, ленок, хариус, щука, окунь и другие виды рыб. Рыбалка в водоемах заказника полностью запрещена.
На высоте 525 м н. у. м., расположено наиболее крупное озеро Байкальского рифтового пояса площадью 16,54 кв.км - Фролиха. Это озеро, глубина которого достигает 80 м, необыкновенно привлекательно.
В него с юго-востока впадают реки Левая Фролиха и Даватчанда, с северо-востока - Правая Фролиха (Нерунда), а также мелкие речки и ручьи. Многие из них, прорезая глубокими ущельями гористые склоны, образуют каскады потрясающих водопадов.
В западной части озера находится мелководный залив шириной до 1,5 км, из которого берет начало река Фролиха, впадающая в оз. Байкал (в губу Фролиха).
Расположенная в непосредственной близости от оз. Фролиха вершина -голец Медвежий - имеет высоту 1877 м н.у.м. Кроме озера Фролиха, в предгольцовой зоне заказника имеется множество красивейших озер с кристально чистой студёной водой. Их общая площадь около 5 тыс.га.
Не менее самого озера привлекательны по красоте и романтичны по своим необычным для слуха названиям две губы на побережье Байкала с обрамляющими их мысами - Аяя и Фролиха.
Губа Аяя глубоко, до 5 км, вдается в берег Байкала между мысами Лаканда (Аяя) и Тукалакан. В губу впадает р. Аяя. Губа Фролиха так же, как и Аяя, сильно врезается в берег оз.Байкал между мысами Немнянка и Фролова. Главной достопримечательностью заказника, несомненно,является само озеро Фролиха, необыкновенно живописное место, вполне доступное для посещения самыми различными группами туристов разных возрастных категорий.
Но территория заказника богата и другими уникальными природными достопримечательностями. Так, на склоне южной экспозиции вблизи тропы из губы Аяя на оз.Фролиха выявлено одно из растительных сообществ, включающее тепло- и влаголюбивые пихтовые насаждения с высокотравьем и папоротниками, свойственное южной тайге. В губе Тукаларагды, между мысами Тукаларагды и Бирая, присутствуют элементы дюнного рельефа. Строение береговой линии, полузатопленные камни, находящиеся вблизи мысов, создают условия для летних скоплений нерпы на мысах Немнянда, Фролова, Лаканда, Шандаки, образуя самые северные лежбища байкальской нерпы.
В бухте Фролиха, расположен гидротермальный Фролихинский подводный метансодержащий источник с температурой воды 16°С. На месте выхода источника наблюдаются интересные биологические особенности. Здесь были отмечены крупные скопления бокоплавов из рода Лептостенус, очень редких в других районах оз. Байкал, и личинок комаров-звонцов вида Сергентиа Флаводентата. Были описаны и отдельные новые для науки виды и подвиды животных. Район изобилует губками, хирономидами, придонной фауной планарий, гаммарид, а также питающимися ими рыбами. Здесь впервые для пресноводных экосистем открыто уникальное донное сообщество, основанное на бактериальном биохемосинтезе, строящее свое органическое вещество из углерода биогенного метана. Возраст этого метана 7-10 тыс. лет, поэтому гидротермальные выходы такого рода могли играть важную роль в развитии уникального фаунистического комплекса оз.Байкал, служа убежищем для видов при изменении климатических условий в течение длительной истории озера.
На территории заказника проходят туристские маршруты по берегу Байкала, по горным тропам и по вековой девственной тайге, способные доставить посетителям истинное наслаждение от общения с удивительной природой Северобайкалья.