ФГБУ «Заповедное Подлеморье» является частью международного природоохранного сообщества и сотрудничает с различными зарубежными организациями по направлениям: развитие ООПТ и экологического туризма, научные исследования, эколого-просветительская деятельность. В рамках совместных проектов, акций и исследований представители иностранных организаций посещают подведомственные Заповедному Подлеморью территории. Сотрудники учреждения участвуют в совместных мероприятиях.
— UNESCO (ЮНЕСКО). В 1996 году ЮНЕСКО включило «Озеро Байкал» в список объектов природного наследия. ФГБУ «Заповедное Подлеморье» принимает участие в проектах, подготавливает отчётные и рекомендательные материалы.
— International Alliance of Protected Areas (IAPA). Международный союз ООПТ. Заповедное Подлеморье входит с состав Союза и представляет свои рекомендации по управлению ООПТ и видам совместной деятельности.
— Гринпис. Сотрудники «Заповедного Подлеморья» принимают участие в программах по обучению ГИС, пожаротушению и т.д.
— WWF. «Заповедное Подлеморье» принимает участие в программах по обучению сотрудников и управлению ООПТ.
— World Trails Network. Всемирная сеть троп. Сотрудник учреждения является представителем организации и участвует в проектах развития сети троп по всему миру.
— Christian-Albrecht University of Kiel. Университет г. Киль им. Кристиан-Альберт. С 2016 года совместно с Иркутским государственным университетом «Заповедное Подлеморье» проводит международные летние школы по экологическому менеджменту на полевой базе «Давша».
— University of Helsinki. Университет г. Хельсинки. Научные сотрудники задействованы в международном проекте «Eurasian Chronicle of Nature — Large Scale Analysis of Changing Ecosystems (ECN)» (Летопись Природы Евразии — крупномасштабный анализ изменения экосистем).
ФГБУ «Заповедное Подлеморье» приглашает к сотрудничеству всех заинтересованных в сохранении уникальной природы Байкальского региона, ведении научных исследований на заповедной территории и экологического воспитания населения.