Наука в ФГБУ «Заповедное Подлеморье» традиционно играет важную роль. Научные исследования обосновали создание старейшего в России Баргузинского заповедника, в состав которого изначально включалась часть современной территории Забайкальского национального парка. В результате экспедиции по изучению состояния популяции соболя под руководством Г.Г. Доппельмаира в 1914-1915 гг. были изданы известные Правительственные акты, давшие начало заповедной системе России.
На территориях «Заповедного Подлеморья» Баргузинского заповедника, Забайкальского национального парка и Фролихинского заказника за время их существования работали многие всемирно известные исследователи озера Байкал, заложившие основы современного байкаловедения и охраны природы.
Сегодня в штате научного отдела 9 научных сотрудников, осуществляющих работу по инвентаризации и долговременному мониторингу природных объектов и процессов Северо-Восточного Прибайкалья в соответствии с Положением о научно-исследовательской деятельности государственных природных заповедников России.
Основные результаты публикуются в ежегодной Летописи природы, первый том которой был подготовлен за 1936-1940 гг. Всего по материалам научных исследований в заповеднике опубликовано свыше 850 научных работ. Широко известны в научных кругах выпуски «Трудов Баргузинского заповедника», которые начали выпускаться в 1948 г. Огромный вклад сделали сотрудники заповедника в изучение баргузинского соболя. Благодаря научным исследованиям была выполнена главная задача, поставленная перед заповедником в момент его организации – популяция ценного пушного зверька баргузинского соболя была восстановлена.
В 1914-1934 гг. были получены общие сведения о его экологии, промысле и сделаны попытки разведения в неволе. В последующий период (1935-1964 гг.) осуществлялся сбор материалов по изучению сезонного питания и распределения по местообитаниям, разрабатывались методы учета соболя на основе изучения его экологии, был обобщен материал по плодовитости и изучалось эмбриональное развитие соболя. Затем были продолжены исследования на популяционном уровне.
Одним из приоритетов научного отдела сегодня является научное обеспечение охранной, рекреационной и эколого-просветительской деятельности.
Сотрудники участвуют в разработке рекомендаций по сохранению природных комплексов и изданию научно-популярных изданий.
В ФГБУ «Заповедное Подлеморье» действует научно-технический совет (НТС).
Председатель НТС – М.Е. Овдин, зам. председателя, д.б.н. – А.А. Ананин. В составе НТС представители науки, органов исполнительной власти, природоохранных организаций, высших учебных заведений Республики Бурятия.
Имеется электронная научная библиотека, формируются и находятся на хранении научные фонды (архивные, коллекционные, музейные и библиотечные).
Ознакомиться с историей научных исследований, природными комплексами Баргузинского заповедника можно в музее заповедника в п. Давша, а узнать о Забайкальском национальном парке - в визит-центре в п. Усть-Баргузин.
Территории «Заповедного Подлеморья» имеют давние традиции сотрудничества с научно-исследовательскими организациями России. К числу долговременных партнеров относятся Лимнологический институт СО РАН; Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН; Институт земной коры СО РАН; Байкальский музей Иркутского научного центра СО РАН; Институт географии им. В.Б. Сочавы СО РАН; Институт геохимии СО РАН; ФГУП «Госрыбцентр», Байкальский филиал; Институт микробиологии РАН; Институт мониторинга климатических и экологических систем СО РАН; Институт биологии развития им Н.К. Кольцова РАН; Центральный Сибирский Ботанический сад СО РАН; Всероссийский институт защиты растений; Институт глобального климата и экологии Росгидромета и РАН; Иркутский государственный университет; Томский государственный университет, Бурятский государственный университет.
Природа Северо-Восточного Прибайкалья таит еще много тайн и загадок, которые ждут своих исследователей. Ведь чтобы сохранить природу нужно больше знать о ней. Научный отдел ФГБУ «Заповедное Подлеморье» открыт к сотрудничеству в деле изучения природных комплексов и явлений для сохранения уникальной природы участка Всемирного наследия озера Байкал.