ФГБУ «Заповедное Подлеморье» является частью международного природоохранного сообщества и сотрудничает с различными зарубежными организациями по направлениям: развитие ООПТ и экологического туризма, научные исследования, эколого-просветительская деятельность. В рамках совместных проектов, акций и исследований представители иностранных организаций посещают подведомственные Заповедному Подлеморью территории.
ФГБУ «Заповедное Подлеморье» приглашает к сотрудничеству всех заинтересованных в сохранении уникальной природы Байкальского региона, ведении научных исследований на заповедной территории и экологического воспитания населения.